Groty na obszarze klifu Matala wokół zatoki powstały w okresie neolitu tzw. młodsza epoka kamienia. Matala była w okresie minojskim portem morskim. ok. 220 p.n.e. Matala była okupowana przez plemiona Gortynów a w okresie dominacji rzymskiej stała się rzymskim portem handlowym Gortyny. W okresie od I do II wieku n.e. groty Matali były wykorzystywane jako katakumby, gdzie chowano zmarłych. Jedna z takich grot zwana jest "Brutospeliana" ponieważ zgodnie z legendą była często odwiedzana przez rzymskiego generała Brutusa.