Deska sedesowa nie jest efektywnym sposobem przenoszenia patogenów. Wprawdzie mogą się na niej znajdować bakterie (Streptococcus, Staphylococcus, Serratia, Corynebacterium, E. coli, Salmonella, Shigella, Neisseria gonorhoea), grzyby oraz wirusy (rotawirusy, enterowirusy, wirusy grypy), jednak ryzyko zarażenia jest niewielkie, wręcz hipotetyczne i praktycznie się nie zdarza przy zachowaniu podstawowych zasad higien