Akcja serialu dzieje się tuż po zakończeniu akcji filmu Madagaskar 2. Alex, Gloria, Melman i Marty zostają w Afryce, natomiast paczka pingwinów powraca śmigłowcem do Nowego Jorku, gdzie próbują przejąć władzę nad zoo. Przeszkadza im w tym król Julian, pasażer na gapę, oraz jego pomocnicy. W serialu występują również inne zwierzaki z Central Parku, które wraz z "bitwą o władzę" pingwinów z Julianem stanowią bardzo śmieszny, rozweselający serial.